Para que se tenham dados comparáveis, a padronização dos métodos de coleta de dados torna-se imprescindível. Devido a isto, desde o início do projeto teve-se como prioridade a criação e adequação de diferentes métodos de coleta levando-se em consideração os organismos estudados, as particularidades da região amazônica e a eficiência dos mesmos.

As relações entre a fauna aquática e o ambiente imediato são estudadas em cada igarapé, incluindo características da água, a estrutura do riacho (por exemplo, largura, profundidade, velocidade da correnteza) e do ambiente de entorno (cobertura vegetal, tipo de vegetação marginal, topografia).